In 1939 is bij het toenmalige Wijnjeterp een vuurstenen vuistbijl gevonden. Mogelijk trokken aan het einde van de laatste ijstijd, ruim 14.000 jaar geleden, jagers-verzamelaars over de hoge zandruggen langs de beken in het zuiden en oosten van Friesland. Deze eerste rondtrekkende moderne mensen in het huidige Friesland waren van de Hamburgcultuur. Bivakplaatsen van deze rendierjagers zijn aangetroffen bij Makkinga (Lochtenrek), Oldeholtwolde en Ureterp.
Van ongeveer 400 tot 200 voor Chr. begon een proto-Friese cultuur te ontstaan in het gebied tussen de Vlie en Eems. Gezien het gevaar voor overstromingen, verhoogde men de natuurlijke hoogten tot kunstmatige heuvels, de zogenaamde terpen en wierden. Veel van de archeologische rijksmonumenten in Friesland zijn overigens dergelijke terpen.[9] De Romeinse generaal Drusus viel het gebied binnen in 12 v.Chr. De schrijver Tacitus vermeldt het volk der Frisii in zijn Germania.
Tijdens de volksverhuizingen in de 4e eeuw vestigden zich andere Germaanse stammen in de Friese gebieden die de naam van het land waarin zij terechtkwamen en van het volk dat daar van oudsher woonde overnamen. Vier Friese koningen kennen we bij naam: Audulf, Aldgisl, Radboud (Redbad) en Poppo. Het Friese koninkrijk reikte van het Zwin tot aan de Wezer, blijkens de Friese Wetten, die omstreeks 800 uitgevaardigd werden. Deze zone zullen 19e- en 20e-eeuwse historici later ‘Groter-Friesland’ noemen. In 734 werd het koninkrijk ingelijfd door de Franken.
Omstreeks 750 kwam de missionaris Bonifatius naar Friesland, om er het christendom te brengen. Voorlopig had dat geen succes en hij moest het met zijn dood bekopen. Na 850 werden her en der de eerste abdijen in Friesland gesticht. Frankische Kloosters als Fulda en Echternach kregen na de pacificatie van Friesland uitgebreide landerijen geschonken als keizerlijke schenkingen, met de bedoeling deze landbouwkundig te ontwikkelen. De komst van de abdijen was voor Frisia Magna (Groot Friesland) van groot belang, gezien de ontwatering die op initiatief van de kloostergemeenschappen ondernomen werden. Als abten werden edellieden benoemd die, als zij Friezen waren, ook de band met de bevolking versterkten.
Al in de vroege middeleeuwen bestond Groter-Friesland uit drie deelgebieden: West-Frisia (van het Zwin tot de Vlie), Midden-Frisia (van de Vlie tot de Lauwers) en Oost-Frisia (van de Lauwers tot de Wezer). Na 1000 viel West-Frisia uiteen in de heerlijkheden Zeeland, Holland en West-Friesland. In 1288–1297 nam Floris V van Holland West-Friesland in.
Evenals West-Frisia, vielen ook Midden- en Oost-Frisia uiteen. De vrije dorpen en stadjes die zo ontstonden, evolueerden echter niet tot traditionele heerlijkheden. Bovendien bleven zij nauw met elkaar samenwerken, o.a. de Zeven Friese Zeelanden die hun rechtspraak gemeenschappelijk organiseerden onder de Upstalsboom. Het ontbreken van een centraal gezag leidde echter ook tot onderlinge twisten, zoals de vete tussen de Schieringers en Vetkopers. De edelen in Midden- en Oost-Frisia zwoeren geen trouw aan vreemde leenheren (de ‘Friese Vrijheid’). Een belangrijke overwinning voor het behoud van deze zelfstandigheid was de Slag bij Warns (1345).
Toch kwam na 1450 ook de onafhankelijkheid van Oost-Frisia in het gedrang. De meest westelijke dorpen in het Emsland kwamen onder invloed van Groningen en werden bij de ‘Ommelanden van Groningen’ gevoegd. De dorpen beoosten de Eems tot aan de Wezer werden door huwelijk (1455) verenigd tot graafschap Oost-Friesland, met Emden als hoofdstad. De eerste graaf van Oost-Friesland, Ulrich van Cirksena, zwoer trouw aan de keizer. Tegelijk waren de westelijke gebieden van Frisia onder de naam West-Friesland, na tevergeefs gewapend verzet, onder de Hollandse graven gekomen. Nu waren enkel de dorpen en stadjes in Midden-Frisia, het huidige Friesland, nog zelfstandig.
In 1498 schonk keizer Maximiliaan van Oostenrijk (Midden)-Friesland en Groningen aan Albrecht van Saksen. Deze richtte de heerlijkheid Friesland op, bestuurd door het nieuwe Hof van Friesland. De bevolking verzette zich echter tegen de nieuwe machtshebber, en kreeg daarbij hulp van het hertogdom Gelre (Gelderse Oorlogen). Erfgenaam Joris van Saksen had onvoldoende middelen om de opstand te onderdrukken en verkocht zijn rechten aan Karel V (1515). Die verdreef de Geldersen en lijfde de heerlijkheid in bij de Habsburgse Nederlanden (1524). Een nieuwe ambtelijke bestuurslaag van niet-Friezen werd in Friesland gevestigd en zou Nederlands definitief een plaats geven als bestuurstaal.
In de jaren 1570, aan het begin van de Nederlandse Opstand, kwam de bevolking in opstand tegen stadhouder Robles. De Staten van Friesland namen de macht over en sloten zich aan bij de Unie van Utrecht. Tijdens de Tachtigjarige Oorlog kwam Friesland in handen van de Republiek. In het begin van de oorlog moesten nog veel protestanten vluchten, vooral naar de Oostfriese stad Emden die een Nederlands protectoraat (1595) werd waar de Calvinistische kerk een organisatorische basis kreeg. De eerste synodes van de Nederduitsch Gereformeerde Kerk vonden hier plaats en hoewel de kerkelijke bovenlaag na 1590 over de opstandige provincies uitstroomde bleef Emden een in cultuur Nederlandse stad totdat zij in 1744 onder het koninkrijk Pruisen kwam, toen Frederik II van Pruisen aanspraak maakte op geheel Oost-Friesland.
In 1802, ten tijde van de Bataafse Republiek, werd Friesland omgevormd tot departement Friesland. Voor korte tijd kwam ook Oost-Friesland weer bij de Nederlanden (Vrede van Tilsit). Na de ondergang van het Franse keizerrijk (1815) werd de oude situatie hersteld. Sindsdien is (Midden-)Friesland een provincie van Nederland, en Oost-Friesland een deel van Pruisen, later Duitsland.